Studying carbohydrate-protein interaction using DNA combing

De nouvelles méthodologies d’observation et de manipulation de molécules uniques sont apparues ces dernières années, principalement appliquées jusqu’à présent aux protéines et aux acides nucléiques et à la compréhension de leurs interactions. Ces méthodes ouvrent également de nouvelles perspectives pour l’étude des polysaccharides et de leurs propriétés d’interaction.

Les techniques de peignage moléculaire de l’ADN, qui permettent d’aligner et d’observer des molécules individuelles d’ADN fluorescent, ont été utilisées pour caractériser la liaison de la protéine C1q à l’ADN. C1q est une protéine du système du complément dont la liaison à certaines molécules, immunes ou non immunes comme l’ADN, déclenche l’activation de ce système de défense immunitaire innée. C1q est également la protéine cible de l’activité anticomplémentaire du fucoïdane, un polysaccharide sulfaté extrait principalement d’algues brunes. Ce polysaccharide est capable de bloquer très efficacement certaines cascades biologiques de mammifères comme celles de la coagulation et du système du complément, ce qui peut être exploité dans la perspective d’applications thérapeutiques.

La visualisation de l’interaction protéine/ADN et des expériences de compétition avec le polysaccharide ont permis de mieux comprendre l’interaction du polysaccharide avec C1q, et ainsi de progresser dans la connaissance du mécanisme anticomplémentaire du fucoïdane.