En octobre 2005, Raphaël Rodriguez a soutenu une thèse européenne sous la direction du Pr Maurice Santelli et du Dr Cyril Ollivier au cours de laquelle il a effectué un stage de huit mois chez le Pr. J. Baldwin à Oxford (G. B.).

Sa thèse intitulée « synthèses stéréosélectives de produits naturels, analogues et précurseurs» portait sur la synthèse de divers produits naturels et précurseurs de produits naturels, tels que ceux du calcitriol, un des métabolites de la vitamine D3. Il a également mis au point une nouvelle méthode de génération par voie thermique d’ortho-méthylène quinones, qui peuvent ensuite réagir avec différents diènophiles dans des réactions d’hétéro Diels-Alder. Cette méthodologie a permis la synthèse biomimétique de deux produits naturels, l’alboatrine et le lucidène, présentant tous deux un bicycle de type benzopyrane.

Raphaël. Rodriguez a également effectué une synthèse de la 9,10-déoxytridachione par électrocyclisation thermique d’un -pyrone triène, synthèse qui lui a permis de valider les voies de biosynthèse de ce type de composés dérivés des polypropionates.

Le travail de thèse de Raphaël Rodriguez a donné lieu à cinq publications.