Samir Messaoudi a effectué ses études supérieures à l’Université Blaise Pascal de Clermont Ferrand. Après avoir obtenu un DEA de chimie en 2001, il a poursuivi par une thèse qu’il a réalisée au laboratoire SEESIB (Université Blaise Pascal, Clermont Ferrand), sous la direction du Prof. Michelle Prudhomme. Ses travaux de recherche financés par les laboratoires SERVIER, concernaient la synthèse d’analogues de la rebecamycine, de la staurosporine et de la granulatimide en tant qu’agents antitumoraux. A l’issue de son doctorat obtenu en 2004, il a intégré en tant qu’ATER l’équipe du Prof. David J Aitken où il a travaillé sur la synthèse du fragment sud-est de la microsclerodermine A. Il a effectué par la suite un second stage post-doctoral à l’Université Paris Sud (Faculté de Pharmacie) en collaboration avec les laboratoires Theramex (Merck). Son projet de recherche réalisé dans l’équipe de Chimie Thérapeutique (BioCIS UMR 8076, dirigée par le Prof. Jean-Daniel Brion et le D^r. Mouâd Alami), portait sur la synthèse de nouveaux agents antitumoraux analogues d’anastrozole. 

Il a intégré le CNRS en 2007 (CR2) afin de développer ses projets de recherche au sein de l’unité BioCIS (UMR 8076, Université Paris Saclay, Faculté de Pharmacie, Châtenay Malabry). Ses activités de recherche étaient principalement centrées sur la fonctionnalisation de «châssis moléculaires» hétérocycliques via des couplages organométalliques. Il s’est intéressé également à des projets de chimie médicinale, notamment aux inhibiteurs de la protéine de choc thermique Hsp90, des composés antimitotiques ou des modulateurs de la protéine TCTP pour le traitement des cancers. Il a été lauréat du prix d’encouragement à la recherche en Chimie Thérapeutique de la SCT (2012).

Depuis 2013, il a initié une nouvelle thématique autour de la glycochimie et de ses applications. Les principaux objectifs consistent à étudier et comprendre la réactivité des sucres en présence des métaux de transition afin de développer des approches catalytiques innovantes pour leur fonctionnalisation. Plus récemment, il s’est lancé dans l’exploration de nouveaux espaces chimiques tels que les glycopeptides ou les glycopolymères ainsi que dans design de glycomimétiques bioactifs (S- et C-glycosides). Il a été promu Directeur de Recherche en 2017 et co-anime depuis Janvier 2020 l’équipe CosMIT (BioCIS UMR 8076).